Kalkınma Atölyesi, Genel Kurul, Yönetim Kurulu ve Denetim Kurulundan oluşan yönetişim yapısı çerçevesinde faaliyetlerini sürdürmektedir. Kurumun tüm operasyonel süreçleri Genel Sekreterlik koordinasyonunda yürütülmektedir.

Örgütsel etkinliğini artırmak ve bütüncül bir çalışma yaklaşımını kurumsallaştırmak amacıyla Kalkınma Atölyesi, 2025 yılı itibarıyla tematik çerçeveye ve kurumsal işbirliklerine dayalı PROGRAM odaklı proje uygulama sistemini hayata geçirmiştir. Bu yapı kapsamında her Program, belirli bir tema doğrultusunda kurgulanmakta; programın tasarımından uygulamasına, izleme ve değerlendirme süreçlerinden idari ve teknik koordinasyona kadar tüm aşamalar, ilgili Program Direktörü’nün sorumluluğunda yürütülmektedir.

Bu örgütlenme modeliyle Kalkınma Atölyesi, uzmanlık temelli, esnek, ölçeklenebilir ve yüksek etki üretme kapasitesine sahip programlar aracılığıyla çalışmalarını etkin ve sürdürülebilir bir biçimde sürdürmektedir.